医院内部会计控制制度，涉及医院经营活动的各个领域，主要包括预算控制、收入控制、支出控制、货币资金控制、药品及库存物资控制、固定资产控制、工程项目控制、对外投资控制、债权债务控制、财务电子信息化控制和监督检查。

　　建立健全医院内部会计控制制度，要以贯彻执行国家财经法律法规和规章制度为前提，坚持合法性、全面性、重要性、有效性、制衡性、适应性、成本效益原则，通过建立健全会计内部控制，使医院各部门、各岗位相互监督、制约和联系，从而达到维护国有资产安全与完整，堵塞漏洞，加强医疗机构财务管理，促进各医疗机构财务会计内部控制制度的建设，提高医疗机构财务管理水平和会计信息质量，为提高医院自身竞争力和医院发展战略目标的实现，提供合理保证。

　　建立健全医院内部控制制度，应着重落实好以下几个方面的问题：

　　统一认识，塑造良好的控制环境

　　内部控制不同于传统的一般牵制或经济责任绩效核算，而是一个涉及经济活动全方位的控制，是一整套相互监督、制约、联系的控制方法。由医院各个层次的人员，上到院长下到各部门、科室职工共同实施。只有全院上下统一认识，才能保证内部控制的建立健全和有效实施。

　　落实建立健全内部控制与监督执行的岗位责任

　　医院负责人对本单位财务会计内部控制制度的建立健全和有效实施负总责。医院的财务部门具体组织本单位财务会计内部控制制度的落实。由内部审计机构或者指定专职人员具体负责财务会计内部控制制度的有效执行，并使内部控制在实际执行中得到不断发展、改进和完善。

　　严格执行不相容职务（岗位）相互分离，关键岗位定期轮换制度

　　明确岗位的职责、权限、确保不相容职务相互分离，不得由同一部门或人员经办经济业务活动的全过程。有些医院因人员条件限制对岗位分离没有引起足够的重视，常见有的单位银行出纳人员兼做银行对账单的余额调节表，不相容岗位没有分设不同人员担任。如果长期以未达账项调节对账单，又没有很好地执行关键岗位定期轮换制，易发生贪污现象，给医院造成损失。因此，医院必须有2个或以上人员分工负责，起到相互制约的作用。

　　建立授权批准控制体系

　　建立起对办理常规业务的常规性授权和对办理例外业务的临时性授权体系。明确授权批准的范围、层次、程序和责任。形成责任明确，有权亦有责的管理控制体系。避免一旦出现问题，又难究其责的情况发生。每项经济业务均纳入授权批准范围，如物资采购、款项的支付、预算编制执行与调整等等。

　　建立规范的重大经济事项决策机制和程序，进行风险评估，实行集体决策

　　随着市场经济的发展，竞争日益激烈，不少三级以上医院为了实现战略目标，进行扩大规模，纷纷兼并周边二级及以下医院，还有对外投资性质的合作办院，以及工程项目、筹资、对外担保业务等重大事项。此时必须慎之又慎，加强对项目立项、评估、决策、实施、处置、报告制度等环节的控制，实行集体审议联签，控制风险。

　　建立退费管理制度，严格退费更正管理

　　增收是提高医院经济效益的主要环节，但退费环节亦不可小视。曾被媒体报道，中国医学科学院肿瘤医院住院处原主任石巧玲、中国医学科学院北京协和医院财务处下属门诊收费处原收费员马郸杰就是利用退费漏洞侵吞公款。抓退费管理，堵塞漏洞，是建立收入控制制度的重要一环。各项退费必须提供交费凭据及相关证明，核对原始凭证和原始记录，严格审批权限，完备审批手续，做好相关凭证的保存和归档工作。第一，对门诊、住院的药品、检查治疗退费，必须提供原始发票、药品处方或检查治疗单，经药房主任或检查治疗科室主任及收费、住院处负责人审批签注退款理由，经财务科专职人员审查签字后，分别交门诊收费处或住院处负责人办理退款手续，并存档。第二，对住院预收医疗款，除正常出院结算退费外，一般不予退款。确需退款，由病人或授权人提供有效身份证明并在原预收医疗款收据签字，经财务负责人或授权人审批后方能退款。